Pada tahun 1962 peserta didik
yang baru tamat dari SD GMIM Rurukan tidak bisa melanjutkan sekolah karena
tidak ada sekolah lanjutan pertama di kampung Rurukan. Sedangkan jarak untuk
sekolah di Tomohon + 6 Km dengan jarak yang demikian jauh maka banyak
peserta didik yang tidak sekolah. Menanggapi masalah tersebut, Majelis Jemaat
GMIM Bukit Sion Rurukan melakukan rapat majelis di rumah ketua jemaat A.G.
Apouw dengan maksud mencari upaya untuk mendirikan sekolah jarak jauh dari SMP
Kristen Kaaten Tomohon. Dengan dasar itu maka diutuslah utusan untuk menemui
kepala SMP Kristen Kaaten Tomohon.
Tapi setelah bermusyawarah dengan kepala sekolah
SMP Kristen Kaaten Tomohon tidak menerima karena pertimbangan tidak adanya
kendaraan dari guru yang akan mengajar. Tapi beliau mengusulkan untuk
mendirikan sekolah baru melalui yayasan GMIM dan bersedia membantu.
Pada tanggal 5 Juli 1963
berdirilah SMP Kristen Rurukan di bawah yayasan GMIM, tapi penetapan melalui
yayasan pada tanggal 11 Agustus 1963 dengan jumlah murid 40 peserta didik untuk
kelas 1. Tempat pelaksanaan kegiatan belajar adalah meminjam gedung SD GMIM
Rurukan yang bertempat di belakang gedung gereja GMIM Bukit Sion Rurukan. Pada
tahun 1967 SMP Kristen Rurukan pindah ke kintal SMP yang bertempat di
perkebunan bukit sekarang disamping puskesmas Rurukan. Pada tahun 1967 SMP
Kristen Rurukan pertama kali mengikuti ujian akhir nasional dengan jumlah
peserta ujian 40 peserta didik tapi belum bisa melaksanakan ujian sendiri tapi harus
bergabung dengan SMP Kristen Kaaten Tomohon. Tahun 1968 pindah di gedung SD
GMIM Rurukan kegiatan belajar masih berlaku sore hari. Pada tahun 1971 pindah
di SMP Kristen Rurukan sampai sekarang. Namun sampai tahun 1988 penyelenggaraan
ujian akhir masih bergabung dengan SMP yang ada di Tomohon. Kemudian pada tahun
1988 status SMP Kristen Rurukan diakui sehingga sudah dapat melaksanakan ujian
akhir sendiri. Dan pada tahun 1984 SMP Kristen Rurukan menerima penetapan
kepala sekolah devinitif dan sejak saat itu mulai adanya penempatan guru PNS
(Pengawai Negeri Sipil).
Adapun kepala sekolah yang memimpin SMP Kristen
Rurukan adalah :